Bei den AVRs hat der analoge Komperator keine Hysterese. Das ist nicht ideal für ein Sinussignal.
Dafür haben die Digitalen Eingänge Schmidttrigger-eigenschalften mit einer relativ kleinen Hysterese. Das ist eigentlich genau das was man für so eine Sinussignal braucht. Der wesentliche Nachteil den man damit hat, ist ein etwas erhöhter Stromverbrauch wegen der mittleren Pegel.

Bei einem PIC18 Controller kann der Komperator eine Hysterese haben und wohl des bessere Eingang.