Zum Deinstallieren gibts in der Systemsteuerung unter Software nen Eintrag fürs AVR-Studio. Unter Windows wird ein installiertes Programm NIEMALS einfach gelöscht. Was das für Folgen hat, hast du ja grad gemerkt.

Eine Möglichkeit, die dir noch bleibt: Die Registry durchsuchen, und dort alle Einträge, die was mit dem AVR-Studio zu tun haben, löschen.
Nur aufpassen: Nichts falsches löschen. Auf fehlende Registry-Einträge reagiert Windows relativ giftig.

Bascom und AVR-Studio miteinander benutzen geht eigentlich nicht; sind auch 2 total unterschiedliche Sprachen (Basic-Dialekt vs. C).
Was halt beide gemeinsam haben: Die Möglichkeit, Inline-Assembler zu verwenden (kann aber glaub ich jede Sprache bzw. sollte sie können)

Was ich mal gemacht hab: mit AVR-Studio programmiert und die .hex mit Bascom geflasht; aber nur, weil ich zu dem Zeitpunkt nur diesen Bascom-USB-Programmer hatte. Komfort ist was anderes...

Tip von mir (und mit dem bewussten Risiko, nen "Religionskrieg" anzufangen *g*): Wenn du eh frisch anfängst, mach gleich C. V.a. wenns später mehr in der Richtung werden soll.