Anfangs wird man den Mega32 erstmal über die ISP Schnittstelle programmieren müssen. Die Programmierung über IR (UART) geht erst wenn auf dem µC schon ein Bootloader Programm ist. Beim neuen µC ist das noch nicht drauf.

Die Batterie wird vermutlich erstmal über einen Spannungsregler (wohl 5 V) gehen.

IR Empfänger und Sender kommen normal an die UART Pins rx und tx ( = PD0 und PD1). Für ein Funkmodul wären vermutlich die selben PINs am besten - das hängt aber vom Modul ab.

Für die Motoren braucht man noch Treiber (FETs oder eine Brückenschaltung). Am besten sollen hier 2 Pins mit PWM-funktion (z.B. OC1a, OC1b) verwendet werden. Dazu dann ggf. noch ein paar normale PINs.

Die LEDs sind unkritisch und können an einen fast beliebigen PIN.