Von Schrittmotor hast du nichts geschrieben. Wir reden schon von RN-Motorcontrol?
Kannst du auf deiner Platine vor dem Spannungsregler noch eine Diode einfügen?
Womit steuerst du die Schrittmotoren an?

Edit: Das hat sich jetzt überschnitten, wie sieht deine Stromversorgung aus.
Spannungsregler usw.