Es wäre interessant zu wissen, was für ein Programmer benutz wird. Das hört sich nämlich sehr nach einem nicht so zuverlässigen Programmer an. Bevor man an den Fuses was ändert sollte man sehen ob der Programmer auch einigermaßen zuverlässig arbeitet. Also lieber erst das Programm überragen und ein Verify, und nur wenn das ohne Problem klappt würde ich mich an die Fuses wagen.

Der Mega88 ist eventuell etwas empfindlicher gegen Störungen als der Mega8. Der neue ist einfach schneller und kann daher auch auf kürzere Störungen reagieren. Außerdem braucht der Mega88 wirklich Spannung an Vcc und Avcc - beim Mega8 waren die intern verbunden.

AVRDude probiert, wenn man es nicht extra abstellt, am Ende die Fuse Einstellungen zu korrigieren. Wenn das nicht klapt, könnte das Programm dabei auch hängen bleiben.

Wenn der µC wegen fascher fuses nicht mehr geht, ist es meistens ein fehlender Takt. Einen externen Takt kann man an XTAL1 anlegen. Auch wenn da doch ein Quarz oder so eingestellt ist, sollte das gehen.