Ja, beim AVR werden alle Interrupts gemerkt, bis sie abgearbeitet wurden. Das ist nötig, wenn ein Interrupt auftritt, während eine andere ISR auftritt.
Dazu dienen die Interrupt-Flags, die meist in den Registern der jeweiligen Peripherieeinheit zu finden sind. Man kann sie explizit löschen, indem man sie !!! auf 1 setzt !!! (ja, wirklich!).

Für die externen Interrupts sind das z.B. beim Mega8 die Bits INTF0 und INTF1 im Register GICR.