Ok Problem hat sich gelöst......
Irgendwie ist in den Quellcode der .pov-Datei bei allen falschen Bauteilen diese Zeile reingerutscht:
#ifndef(pack_POWER) #declare global_pack_POWER=yes; object {CAP_DIS_CERAMIC_DISK_64MM_50MM("",)translate<0,0, 0> rotate<0,0.000000,0>rotate<0,-270.000000,0> rotate<0,0,0> translate<51.000000,0.000000,76.100000>}#end

Auf den Mega128 bezogen müsste das aber so lauten:
#ifndef(pack_IC1) #declare global_pack_IC1=yes; object {QFP_TQFP_64_080MM("Mega128","ATMEL",)translate<0, 0,0> rotate<0,0.000000,0>rotate<0,0.000000,0> rotate<0,0,0> translate<53.340000,0.000000,43.180000>}#end

Wenn man die Zeilen umändert klappt das rendern auch richtig. Werd mich wohl jetzt dransetzen müssen und die dementsprechenden Daten raussuchen dürfen für die LEDs usw.

Edith: Kennt zufällig einer die Codezeile für eine SMD-LED 0805 sowie für eine zweipolige Schraubklemme wie sie hier auf dem Bild im Eagle ist?
http://img7.imageshack.us/img7/6601/unbenanntzp.png