Also zuerst, ein PullDown sollte immer drinnen sein.
Nach dem Einschalten der Spannung braucht der µC einen Moment bis er bereit ist und das Programm läuft. Bis dahin sind die Ausgänge hochohmig, also undefiniert. Damit ergibt sich kurzzeitig das Problem wie du es gehabt hast.
Ein delay würde für PWM natürlich funktionieren, allerdings kann der µC nichts mehr anderes machen.
Besser ist es einen Timer dafür zu verwenden. Bei den AVR gibt es dafür dann auch die entsprechenden Ausgänge.