Die meisten Motoren können für Zeiten im Sekundebereich deutlich höhere Ströme als den Nennstrom vertragen. Viel schneller als vielleicht 1/10 Sekunde wird man wohl nicht abschalten müssen, vielleicht auch nur im Bereich 1 s. Entsprechend muß man auch den AD wandler nicht häufiger abtasten lassen, es kann aber helfen, damit man die Fitlerfrequenz nicht so tief legen muß, und für mehr Auflösung.

Die Grenzfrequenz des analogen Filters sollte bei höchstens der halben (besser 1/5) benutzten Abtastrate des AD Wandlers liegen.
Mein Vorschlage wäre es die Filterfrequenz bei etwa 10-100 Hz zu haben, dann etwa 200-1000 mal die Sekunde den AD auszulesen und dann über jeweils 20 ms oder 40 ms zu mitteln. Wenn das zu viel Aufwand ist, geht es auch nur alle 40 ms den AD Auslesen und den Filter auf 5 Hz auslegen.

Den Filter würde ich lieber vor den Verstärker legen, wenigstens eine erste Stufe, damit der OP nicht so schnell sind muß. Der Sunt ist eine sehr niederohmige Quelle, da kann man ruhig mit einem relativ niederohmigen passiven Filter rangehen (z.B. 100 Ohm und 10 µF). Der Widerstand kann aber auch höher (z.B. 10 K) werden für einen kleineren Elko/Kondensator - man muß dann ggf. beim Differenzverstärker etwas aufpassen und den Widerstand mit berücksichtigen.