Wie war denn der Tastkopf angeschlossen? Für soche Messungen sollte man immer geschirmte Leitungen verwenden und einen Massepunkt möglichst nahe am eigentlichen Messpunkt anzapfen. Sonst holt man sich aus der Umgebung und durch unterschiedliche Massepotentiale alles mögliche aufs Oszi.

Immer die Amplitude zu messen dürfte eher wenig bringen, die ist ja idealerweise immer gleich hoch (hier durch die Motorinduktivität wahrscheinlich eher rampenförmig). Du brauchst aber das Integral über die Zeit um auf die Stromaufnahme schließen zu können.

36kHz ist schon recht sportlich für den ADC wenn du da noch vernünftig integrieren willst... Ich würde vor dem ADC einen Tiefpass einbauen. Bei 36kHz lässt sich da mit einem TP erster Ordnung schon viel erreichen. Die dadurch größere Zeitkonstante sollte bei einer Strommessung zu verschmerzen sein.