Der LM358 ist keine präzsionsausführung. Man muß da damit rechnen, dass die Spannung einen Offset hat. Das können auch schon mal 5 mV bezogen auf den Eingang sein. Bei der 100 fachen Verstärkung also auch 0,5 V am Ausgang. Durch die relativ großen Widerstände kommt eventuell noch ein bischen dazu, aber weniger als der ohnehin schon vorahndene Fehler durch die Offsetspannungen.

Um die Verstärkung richtig zu messen muß man also wenigstens die Differenz messen bei 2 Spannungen am Eingang. Da wird nicht unbedingt immer 0 rauskommen, auch wenn am Einganag keine Spannung anliegt. Und wenn doch, ist das eher ein Zeichen dafür, das der Offset negativ ist, der OP also eigentlich eine negative Spannung ausgeben will, es nur nicht kann.