Hallo Malte,
ich denke, deine Rechnung mit den 60µs und den verbleibenden 140µs ist schon ok. Heisst aber auch, dass dein Programm unter dieser Annahme schon 30% der Zeit in der ISR ist. Wenn sonst nicht mehr viel zu tun ist, kann das ok sein. Das wirst du ausprobieren müssen. Auf keinen Fall darf eine ISR solange dauern, dass ein anderes Signal zweimal auftritt. Damit würde ich die absolute Obergrenze für eine ISR bei 200µs/4 sehen, also bei 50µs.
Du musst halt auch genau aufpassen, welche Befehle du in den ISRs benutzt. Am besten mal im Simulator durchspielen und dir die benötigten Zeiten bzw. Takte ansehen.