Die Länge der Periode, also die Frequenz ist nur dann wichtig wenn du z.B. ein Schaltnetzteil hast. Wenn du da die Schaltfrequenz erhöhst kannst du die Spule und den Kondensator kleiner machen.
Wenn du Timer1 für die PWM benutzt kannst du ohne weiteres Timer0 als Timer benutzten. Diese beiden Timer sind vollkommen unabhängig.
Die PWM beeinflusst die Datenübertragung nicht, weil die Datenübertragung über die Hardware UART wieder ein anderer Teil des Controllers ist.