Die ADC Kanäle kann man leicht mit Schottky Klemmdioden gegen Überspannung schützen.
Als Shunt würde ich dir SMR oder SMS Shunts in SMD empfehlen, die gibt es in allen möglichen Werten von einigen mR bis mehrere 100mR.
Falls du für deine Einstellungen Port Pins sparen möchtest kannst du das auch mit einem Drehimpulsgeber, am besten mit integrierten Taster lösen.
Wenn du dann noch die Messkanäle mit Multiplexer durchschaltest sparst du noch mehr IO´s.
Ich habe vor 2Jahren mal eine Messkarte gebaut mit 32 Messkanälen die mit 2 4067 Multiplexern auf einen ADC Eingang geschaltet werden.
Funktioniert bestens bis heute.

Gruß

Neutro