Puh, lange nicht mehr mit makefiles gearbeitet (wenn man AVR Studio verwendest, kannst man das alles über die Projekteigenschaften einstellen...)

Im makefile müsste es den Eintrag SRC geben. Dort gibst Du den Namen der C-Datei an. Die Objekt-Dateien und das hex-File sollten eigentlich im selben Verzeichnis wie die C-Datei landen.