Und ich bin mir sicher, dass es Zufall war, es klingt ganz nach Wackelkontakt
Du meinst, in der Programmer-Platine??

Wie programmierst du den µC jetzt genau?
Also auf jeden Fall über USB. Es heißt myAVR Workpad und war bei der Platine mitgeliefert.

http://www.myavr.de/
mySmartUSB MK2
myMultiProg MK2 USB

Das eine wird auf das andere gelötet, Software liegt bei.