USB einfacher zu handhaben? Weiß ich nicht. Ich weiß nur, dass wenn du einen USB-Stick benutzt brauchst du einen USB-Controller sonst klappt das nicht. Zum beschreiben einer SD-Karte solltest du dich hier mal umschauen:
-> http://members.aon.at/voegel/index.html
Wenn du die Daten am PC auslesen willst, also eine Karte mit FAT32 beschreiben willst brauchst du mind. einen Mega128 sonst klappt das von der RAM-Größe her nicht. Es gibt auch eine Möglichkeit AVR-DOS auf einen Mega32 zu quetschen nur dafür musst du 1. das AVR-DOS verstehen und 2. brauchst du zum Auslesen am PC dann spezielle Programme die die Sektoren der SD-Karte lesen können (soweit ich weiß).
Das nächste Problem ist wenn du eine SD-Karte nimmst mit AVR-DOS brauchst du eine Bascom-Lizenz da das AVR-DOS riesig groß ist.
Aber sobald du das alles hast musst du nur 4 Pins vom Controller an die Karte anschließen (mit geeignetem Pegelwandler natürlich, am besten ein IC kein Spannungsteiler das funktioniert nicht super gut) und dann kannst du via Print-Befehl die Daten auf die Karte schreiben.

Wenn du noch weitere Fragen zur SD-Karte hast, frag ruhig hab mir letztens erst selber einen SD-Karten Temperaturlogger gebaut