Beim Atmega32 werden PC2, PC3 und PC5 auch für die JTAG-Schnittstelle benutzt.
Hatte vor ein paar Tagen dasselbe Problem bei einem brandneuen Atmega32.
Du hast mit 100%iger Sicherheit die JTAGEN-Fuse noch gesetzt. Diese unbedingt löschen (z.B. mit Ponyprog). Dann verhalten sich die Ports normal.