Hast du WinAVR installiert? (Das ist nämlich für die Verwendung von AVR Eclipse notwendig!)
Die JDK benötigst du fürs C-Programmieren nicht, du könntest theoretisch sogar ohne JDK für Java programmieren (Eclipse bringt einen eigenen Java-Compiler mit)

Außerdem:
Zitat Zitat von godi22
Vielleicht hat ja noch jemand eine Idee warum es mit der 64Bit Version nicht funktioniert.
Wie schon geschrieben: Frag den Autor selbst!

mfG
Markus