Die Ursache dieses Fehlers ist wohl für Außenstehende schwer zu finden, du könntest aber mal hier eine genauere Beschreibung des Fehlers (Welche Aktionen führten zu dem Fehler, Konfiguration etc) hinterlassen.
Aktuell ist AVR Eclipse 2.3.3, welche Version hast du?

mfG
Markus

PS: Bei mir (Eclipse Helios 32-Bit, AVR Eclipse 2.3.3) tritt dieser Fehler nicht auf.