Hi,

unter http://www.atmel.com/dyn/products/ap...&family_id=607 findest Du die Application Note AVR1605. Da ist ein kompletter Bootloader-Beispiel-Code inkl. PC-Software drin.
Hab's mir selber noch nicht genau angeschaut, sollte aber was für Dich sein.

Den Bootloader per JTAG auf den Controller zu bekommen ist übrigens kein Problem.

Gruß,
askazo