vom ds1307 könntest du den SQW auf eine Sekunde einstellen und über einen Interrupt eine Variable hochzählen.
Ich kann (wegen Bau eines Datenloggers) dir den ds1337 ans Herz legen. Hier kann man 2 Alarme nutzen. Einen verwende ich um eine Messung auszulösen, den nächsten benutze ich als timeout für den Powerdown wenn keine Bedienung erfolgt.

Gruß Stefan