wollte ich mit etwas Komplexen aber Kleinem anfangen
Wenn du garkeine Ahnung hast solltest du auch mit was einfachem anfangen, und "klein" ist dieses Projekt sicher nicht!

Kennst du den schon: http://wiki.ullihome.de/index.php/USBAVR-ISP/de ?
Soll es sowas in der Richtung werden?

Die Hauptaufgabe wird hier also auf der Programierung liegen.
Wenn du keine Ahnung von der Hardware hast wird die Hauptaufgabe sicher nicht in der Programmierung liegen!