Also im Netz schwimmen viele Versionen von Bootloadern für Arduino, und mein bekannter kennt keins was 100% funzt.
Wobei ich selbst bevorzuge ein Programmer, und würde bei jedem Projekt ein Wannenstecker mit dem µC verdrahten. Kostet nicht die welt Hab z.B. mit dem von Stange gute Erfahrungen gemacht.

http://www.obd-shop.com/danila/produ...id=356&lang=de