Die RP6 Base und auch die M32 haben einen Bootloader vorinstalliert (Steht auch in der anleitung) Ohne den könntest du keine Programme über das USB-Interface bzw. eine RS232 schnittstelle in den Controller laden.

Wenn du dir jetzt einen nagelneuen Atmega32 kaufst hat der keinen Bootloader drauf. Den müsstest du dann über ISP flashen
(Wobei ich deine Problematik mit dem Bootloader nicht ganz nachvollziehen kann, is doch praktisch den Controller über so ein Interface flashen zu können).