Die verzögerung ab der Flanke die man per ICP detektiert, würde ich mit dem selben Timer machen, ohne den Timer neu zu starten. Zu dem wert aus dem ICP Registern wird die Verzögerung addiert und dann in eines der OCP Register geschreiben. Man bekommt so nach der Gewünschten Zeit einen Interrupt und ggf. auch gleich ein Signal am Ausgang. Das wird dann auf einen Zyklus (z.B. 100 ns bei 10 MHz Takt) genau.

Die Verzögerung zum Stoppen/ Starten des Timers könnte man im Simulator bestimmen. Da wird vermutlich in der Größenordnung 50 Zkylen, also ein paar µs liegen.