Man kann den Timer auch über einen anderen Eingang nutzen. Es bietet sich aber an auch den Input-capture Pin zu nutzen.

Wenn es sehr genau werden soll, sollte man den timer nicht zurücksetzen, sondern die Differenz berechnen. Bei zurücksetzen hat man immer noch die Verzögerung bis die ISR ausgeführt wird, und die ist nicht immer ganz gleich.