Der "neue" Timerwert sollte am Anfang der IRQ-Routine gesetzt werden. Ich habe es mal an mein Board angepasst und getestet.

Es blinkt unterschiedlich schnell. Je nachdem, welchen Wert Timer1 im Interrupt bekommt.

Code:
$regfile "m32def.dat"
$crystal = 16000000
$framesize = 24
$swstack = 8
$hwstack = 32

Config Timer1 = Timer , Prescale = 64
Enable Timer1
Timer1 = 65500

On Timer1 Servoirq

Enable Interrupts
Led1 Alias Portd.5
Led2 Alias Portd.6

Config Led1 = Output
Config Led2 = Output
Set Led1
Reset Led2

Waitms 500
Set Led2

'Portb.1 = 1                                                 'gruen
'Portb.2 = 1                                                 'rot

'Program-Time
Waitms 1000

'###############################################################################
'main

Do
      Reset Led2

Loop
End

'###############################################################################
'Interupt
Servoirq:
Timer1 = 30000

Toggle Led1

Return
Du musst nur die LED-Ports und den richtigen Prozessor angeben.