Ich verstehe nicht euer Problem: Einen Messwiderstand von Isabellenhütte oder Vishay, mit einem Differenzenverstärker hochverstärken und viel Spass beim Messen.

Nochwas: Ich würde etwas höheres Messsignal am Eingang nehmen, sonst hast du eventuell arg viel rauschen. Schau mal bei Reichelt, da gibts 100mOhm Widerstände, und da eventuell 4 parallel.
Wichtig: Auch Leiterbahnen haben Widerstände, desshalb hat dein Signal direkt (!) am Widerstand abgreifen.
Wenn du wegen dem PWM und der Welligkeit Angst haben solltest: Schalte ein RC Glied als Tiefpass hinter den OPV.