Mit mysmartusb kann Ich Dir leider nicht weiterhelfen.

Das Problem mit dem Display wird vermutlich an der JTAGEN liegen, weil die für JTAG benötigten Portleitungen auf Port C liegen und JTAG standardmässig bei neuen Controllern aktiviert ist.

Das es aber mit einem anderen fabrikneuen? Controller anscheinend geht wundert mich aber.
Eventuell ist es doch ein Toleranzproblem.
Also Taktrate, Belastung auf den Programmierleitungen, Spannungsniveaus.

Versuch doch mal den Controller in einer Minimalbeschaltung, also ohne Peripherie nur mit Quarz über ISP zu Programmieren.

Hast Du auch eine Spannung an AVCC und AGND dran ?
Hab im Hinterkopf, das es da auch mal ein Problem gab.