Hängt dein Display am Port C ?

Dann könnte dein Displayproblem an der JTAGEN Fuse liegen.

Warum Du das Teil flashen kannst, aber die Fuses nicht schreiben ist mir ein Rätsel.
Das könnte eigentlich nur an Deiner Programmiersoftware liegen.
Nutzt Du einen Bootloader um die Programme zu flashen ?