Wenn man nichts an der Konfiguration am PC geändert hat und die Kommuniktion Programmer - ISP nicht mehr geht, dann ist wahrscheinlich der Programmer hin. Der Test sollte auch ganz ohne Zielschaltung funktionieren. Ggf. auch mal die Spannung umschalten (ohne Zielplatine).

GND von Programmer und Target sollten eigentlich verbunden sein. Beim 10-poligen Stecker sind da sogar 4 oder 5 Leitungen für vorgesehen. Die Schutzdiode zur GND Seite sollte also kaum das Problem sein.

Wie der Programmer kaputgegangen ist, ist ja auch eher nebensächlich.
Meine Vermutung wäre eher die Schaltung zur Spannungversorgung, also ein Regler oder ggf, Verpolungsschutz. Die 2 te Gefahr ist ESD. So perfekt ist der Schutz da oft nicht.