Einen Schaltplan hab ich noch nicht gezeichnet. Einen zusätzlichen Verbrauch konnte ich noch beim Poti für die kontrasteinstellung entdecken. Trenne ich die +5V des Potis, habe ich nur noch 0,6mA.

Welche pins für In/Output meinst du? Sollte ich die Pullups der pins für die Datenleitungen (LCD) einschalten oder generell alle unbenutzten pins?

Ja ich werde den Mega über einen Taster einfach durch reset "wecken".

Mir ist aber immer noch nicht klar warum der Stromverbrauch bei abgeschaltetem LCD höher ist als im eingeschalteten Zustand. Das LCD ist ganz normal im 4bit-Modus und poti für Kontrast am Controller angeschlossen.