Die Idee ist gut und machbar.

Allerdings würde ich da auf jeden Fall eine Modulation vorsehen, eben, gegen Fremdlicht, Reflexionen usw.
Ob eine einzelne IR-LED die entsprechende Reichweite im Freien allerdings bringt? Wenn nicht, kann man mehrere parallel benutzen, mit Reflektor.

Eine solche Bake ist so schwer nicht zu bauen: http://www.robotmaker.de/fernbed.html

Allerdings würde ich versuchen, die Baken nur ab und zu (ich meine damit z.B. alle x Sekunden) zu aktivieren, das dürfte ausreichen und Strom sparen- kleine Solarzellen bringen so viel nicht, und so kannst du nen Pufferakku verwenden. Ausserdem klappts dann auch, wenn gerade ein Wölkchen vor der Sonne vorbeizieht.