1Hz ist schon echt viel!
Hast du den Quarz mit 20pF Kondensatoren gegen GND richtig beschaltet?
Hast du im Makefile die neue Taktfrequenz eingestellt?
Prescaler sicher richtig gewählt?

Was passiert, wenn du den Maximalwert im Timer halbierst? Halbiert sich dann auch die PWM-Frequenz? (kann ja sein, dass der Fehler woanders liegt)

Gruß, Yaro