Ist das möglich? Benötigt man den Takt zum programmieren?
Ja klar, aber der muss nicht zwangsweise von nem Quarz kommen.

Ich an deiner Stelle würde auf dem Fertigen Board einfach die 3 oder 4 zur Programmierung nötigen Pins zusätzlich mit einzelnen "Pins" einer Buchsenleiste versehen, so musst du den Controller nicht immer ausbauen.
Fällt auch kaum auf.