Hallo,
bei mir (kompatibler JTAG von Olimex) klappt es so:
Pin 8 (NTRST) frei lassen und Pin 6 (NSRST) mit Resetanschluss des ATMEGA verbinden. Dann kann man über das AVR-Studio ein Reset auslösen. Den Resetbutton auf dem Board nutze ich während des Debuggens nicht.

nk7