eigentlich ist nichts "verborgen" eher hast du beim mutwilligen umbenennen wohle etwas "verbogen" ... das problem tritt solange nicht auf, wie man eclipse zum ändern von dateinamen usw. einsetzt .. ich hab das gefühl dass du da irgendwann mal dran rumgedocktert hast ...

ansonsten check doch mal unter project properties -> AVR -> AVRDude -> Flash/EEPROM ob der from build oder einen festen namen verwendet! -- i.d.R sollte er from build verwenden udn der sollte in den C++ Build Settings auch angegeben sein (AVR GCC Toolchain) ... normalerweise holt der sich dann immer die aktuellen informationen von da ... am besten ist es wenn man die einstellungn unberührt lässt (ausser den language standard des AVR Compiler auf "Gnu99" umzustellen ... C90 nervt ^_^)