Hallo, also ich hab das problem gelöst. es war nicht das die Frequenz zu ungleichmäßig war. es waren die minni Flankenwechsel, wei jeden Interrupt aufruf. Ich hab die Funktion zum Schreiben auf pin 9 an einer falschenstelle vergeben. somit wurde die funktion 65535 mal aufgerufen in der sekunde, und nicht je gewünschten Rechteckimpuls..( writetakt(sample) ist schuld gewesen.. der musste in die IF schleifen mit rein...

(auszug alter code)....
SIGNAL(TIMER1_OVF_vect){
writetakt(sample);
phase += speed;

if(phase >= 3276
sample = 0;
else
sample = 255;
if (frequenzkurve < 1 )
sample = 255;
}

trotzdem danke fürs mitnachdenken-....