Zuerst stellst du den Timer ein (Prescaler,...). Danach gibst du den Timer frei, damit er auf Interrupts des Timers reagiert.
Ich weiß zwar nicht wo du den Taster anschließt, aber hier ein kleines Beispiel.
Code:
if ( PINC & (1<<PINC1) ) sei();
damit du den Interrupt stoppst musst du sei mit cli austauschen. Den Port und Pin musst du anpassen.
http://www.mikrocontroller.net/artic...R-GCC-Tutorial

MfG Hannes