Eine Lange pause ist insgesamt etwa 7 Überläufe mit in jeder 4. Isr ein Waitms 30
Nochmal: Waitms 30 in einer ISR ist ungefähr so schlau wie bei 30 kn Ostwind nach Westen zu starten.

Wenn das kleinste Zeitintervall 30ms ist, und der Rest ganzzahlige Vielfache davon sind, dann würde ich in der ISR einfach nur eine Variable um 1 hochzählen lassen. In der Hauptschleife bietet es sich dann an, mit "Select Case" die entsprechenden Ausgänge zu steuern.

Wenn die Hauptschleife die Flash- und Beaconausgänge periodisch nach einem festen System auf High und Low legt, musst Du Dir noch etwas einfallen lassen, wie der RC-Empfänger mit einbezogen werden soll. So wie Du es bisher gemacht hast, dürfte dessen Einfluss nur von sehr begrenzter Dauer sein, weil alle 30ms die Ausgänge neu gesetzt werden. Man könnte das z.B. ganz einfach über die DDR-Register regeln!