"Ist über RXD und TXD verbunden"... sagt nicht wirklich was aus.
Heisst das jetzt z.B RX an RX oder RX an TX?

Anders gefragt: Welche Pinnummern vom FTDI sind mit welchen Pinnummern vom AVR verbunden?
(Ich mein hier ALLE Leitungen; egal ob Rx, Tx, VCC, GND etc.)
Oder du stellst doch mal nen Schaltplan zusammen, so wie die Schaltung jetzt ist (nicht wie sie sein sollte!)

Dass kein COM-Port kommt, hat aber mit MPROG nix zu tun. Beim ersten Mal dauerts halt einfach etwas, bis der erscheint.

Und es kann auch gut sein, dass bei den Fuses was anders eingestellt gehört, aber da eigentlich keine Informationen da sind, kann man dazu nix sagen.