Hast du das Kapitel im DB gelesen?
Wu musst wie du schon gesagt hast den Timer einstellen und aktivieren. Du musst den Timer einstellen (Prescaler, Startwert,...) und musst. Du brauchst mehrere Register zum Einstellen (TCCRB, TIMSK). Zum Schluss musst du noch die Interrupt freigeben ("sei();").
Wenn du dir noch unsicher bist könntest du nach Interruptbeispielen suchen (Google).

edit: Da war einer schneller.

MfG Hannes