Das Thema sollte vielleicht in die Software-Ecke verschoben werden.
Um auf deine Frage einzugehen: die Meisten Programmiersprachen verfügen über einfache Möglichkeiten, die Systemzeit auszulesen. Da deine Anwendung nicht besonders kritisch zu sein scheint (ich nehme an Millisekunden reichen dir), brauchst du einfach nur eine Software, die dir den Parallelport ausliest, einen Zeitstempel dranhängt und das ganze wegspeichert. Wenig Aufwand wäre das z.B. mit einem Dinosaurier der Programmiersprachen, QBasic. Vorsicht, du wirst mit Windows XP/Vista/7 nichts tun können, der Vorteil von Qbasic ist allerdings der extrem einfache Zugriff auf die Ports, wohingegen du unter modernen Windows-Betriebssystemen immer noch 100 Schichten zwischen deinem Programm und dem Parallelport hast.
Wenn du Linuxbenutzer bist, sieht die Geschichte auch recht einfach aus, da kommst du vermutlich sogar per Shellscript an den Parallelport (Das weiß ich aber nicht 100%).