Was hast du vor? Wenn du soviele IOs brauchst würde ich einzelne Atmegas nehmen und diese dann an einen PC oder ARM senden. Wenn du übers Netzwerk senden willst gibt es einzelne ICs oder fertige Module mit Linux (z.B. XPORT). Es gibt Megas mit 100 Pins (inkl. Versorgung). Z.B. den Atmega1280. Die Größe beträgt bei einigen Gehäusen 9x9mm.

MfG Hannes