Hast du deine WinAVR Installation auf eine neuere Version gebracht??
Denn dann kann es sehrwohl sein, dass Warnungen zu unterschiedlichen Compilaten führen.
Sonst fällt mir auch nichts mehr ein da beide Versuche das selbe makefile benutzen -> selber Compiler,Linker usw...
Und Avr-Studio macht ja nichts anderes als den Quellcode übers makefile an den Compiler zu geben.