Deine 1MHz sind natürlich nicht so umwerfend schnell, aber es sollte trotzdem gehen.
Deine Angaben mit dem Prescaler habe ich nicht verstanden. Was ist ein 10bit prescaler?
Wenn du 2 Stellen umschalten willst und dies flimmerfrei mit 100Hz, dann muss deine ISR Frequenz folglich mindestens 200 Hz betragen.
Du kommst auf die richtigen Werte für Prescale und Anzahl Überläufe über diesen Zusammenhang:

Gewünschte Frequenz (bei dir 200) = $crystal / prescale / overflow_count
Bei 1MHz Crystal also z.B.
200 ~ 1.000.000 / 1024 / 5 oder
200 ~ 1.000.000 / 64 / 78
200 ~ 1.000.000 / 8 / 312

Da du einen 8-bit Timer benutzen willst, wird die letzte Version nicht mehr gehen, da der Timer nur bis 255 zählen kann.
Je kleiner der Prescale um so genauer kannst du den gewünschten Wert treffen. Das ist bei dir aber eher unerheblich.
In der Timer_isr schaltest du jetzt bei jedem Aufruf zwischen den beiden Ausgängen für die gemeinsamen Anoden um und legst den neuen Wert auf die Ausgänge für die Segmente. Wenn die alle an einem Port liegen, kannst du dies sehr einfach mit einem Befehl tun. So ähnlich wie oben also mit
PortD = Segmente(wert_der_stelle)