Es sollte nicht so wichtig sein, wann die Daten geschreiben werden, wichtig ist vielmehr, wann die Daten gemesser werden, und das genau die Richtige Zahl an Daten geschreiben wird, also nichts ausgelassen wird.

Es wäre besser das schreiben auf die Karte ins Hauptprogramm zu verlegen, und die Messung in den Interrupt. Die Messung sollte dann aber nicht durchgängig Warten, sondern nur bei Flanken je einen kurzen Interrupt auslösen.