Bei der direkt toner Methode kann ich leider nicht weiterhelfen, aber die Bauteil Libs die du nicht brauchst, kannst du im Startfenster unter Libs deahtivieren indem du auf den grünen Punkt klickst, der danach grau erscheint. Damit ist dann die entsprechende Lib inaktiv.
Das mit den Lötaugen ist so eine Sache, vielleicht gibt es da eine ULP die was bringt (diejenige die dafür vorgesehen ist kannst vergessen).
Bislang helfe ich mir immer so das ich wenn das Layout fertig ist ich einfach ein Via auf die Bohrung setzte, ist zwar auch nicht die perfekte Lösung ("quik and dirty") aber man kann sich so helfen.