Diese Motoren kann das Board treiben - solange du sie nicht länger bei Vollast mit dem Finger anhälst... (der Blockierstrom wird nämlich deutlich drüber liegen. Aber sowas machst du ja eh nicht. )

Wenn 12,6V LiPo an dem Board nachher angeschlossen sind wird man womöglich nicht über zusätzliche Widerstände drum herum kommen.
Doch, wird man.
Ich nehme mal stark an, dass du die Motoren mit PWM regeln willst wenn du schon einen Mikrocontroller dafür verwendest.
Dann kannst du einfach nicht den vollen Wert fürs PWM einstellen (z.B. bei 10-Bit-PWM: 1023), sondern entsprechend weniger.
1023 -> 100% der Batteriespannung
512 -> 50%
256 -> 25%
...

Also wenn volle Spannung 12,6 V z.B: "1023" als PWM-Wert entspricht, nur "340" einstellen als maximalen Wert.
Das wären dann ca. 1023/3 = 340 -> was 12,6 V / 3 = effektiv 4,2 V entspricht. (bei vollem Akku)

Also kein Problem.
Das "verheizen" der Leistung an Widerständen kann man sich dank PWM sparen.
Du kannst da sogar die sinkende Akkuspannung berücksichtigen und es so programmieren, dass die Motoren trotzdem immer nahezu die gleiche Spannung bekommen bis die Akkus fast komplett leer sind.

Was PWM genau macht, kann man in der RN-Wiki oder auch der "echten" Wikipedia nachlesen.